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Le tournage s'est déroulé dans de véritables environnements de la banlieue de Soweto, à Tshiawelo. Les cabanes existaient avant que l'équipe n'y pose ses caméras. "En fait, nous avons acheté tout ce qui restait des cabanes détruites, explique le chef décorateur Philip Ivey, et nous les avons reconstruites avec tous ces matériaux. Cela nous a évité d'avoir à les vieillir nous-mêmes. Nous avons ainsi gagné beaucoup de temps et les décors étaient bien plus authentiques."
En 2005, après s'être fait un nom dans le domaine de la publicité et des effets visuels, Neill Blomkamp réalisa son premier court métrage : Alive in Joburg. A l'instar de District 9, Alive in Joburg plongeait le spectateur dans un Johannesburg fictif, en proie aux problèmes d'intégration d'extraterrestres. On pouvait déjà y apercevoir Sharlto Copley (Wikus dans District 9), qui agissait à l'époque également en tant que producteur.
District 9 est le premier long-métrage de Neill Blomkamp. Supporté par Peter Jackson (Le Seigneur des anneaux : la communauté de l'anneau), qui agit ici en tant que producteur, ce jeune réalisateur devait à l'origine adapter le jeu vidéo Halo avant que le projet ne soit abandonné. Il obtint finalement un budget de 30 millions de dollars pour réaliser son premier film. Somme qui fut rentabilisée aux Etats-Unis dès le premier week-end d'exploitation.
Le tournage s'est déroulé pendant l'hiver car, à cette période, l'atmosphère particulièrement sèche rend les lieux presque désertiques (à l'inverse de l'été où la végétation est bien plus luxuriante). Neill Blomkamp : "Nous avons filmé en hiver parce que je voulais un décor aride, une sorte de paysage urbain à l'abandon. En hiver, quand vous regardez autour de vous, il y a des feux, des cendres et de la poussière partout, et la pollution vous empêche de voir l'horizon. C'était exactement ce que je voulais."
Jason Cope, qui interprète l'extraterrestre Christopher Johnson, a aussi prêté son corps à une dizaine de personnages différents. "Ma mère était très excitée quand j'ai eu le rôle, raconte-t-il. Quand elle m'a demandé ce que j'allais jouer, j'ai répondu : "Une communauté d'extraterrestres dans un township". Il lui a fallu du temps pour comprendre."
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