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Dans Le Nouveau protocole, Thomas Vincent s'attaque à l'industrie pharmaceutique en tant que puissance économique. "Ce film parle de l'industrie pharmaceutique comme il pourrait parler de l'industrie automobile, des groupes pétroliers, etc.", explique-t-il. "Ce qui est pointé à travers cette industrie, ce n'est jamais que le cynisme du pouvoir et de l'argent. L'industrie pharmaceutique n'est pas pire que d'autres puissances économiques, on pourrait seulement attendre un peu plus d'éthique de la part d'une industrie en charge de la santé de millions de vies humaines."
Thomas Vincent cite une référence américaine comme source d'inspiration pour ce thriller : "Ce type de personnage de l'homme seul ancré dans des valeurs simples, brusquement projeté dans un monde compliqué et en pleine évolution, renvoie à toute une tradition assez classique du cinéma. C'est quasiment un thème de western ! De ce point de vue, le film est pour moi un western contemporain. Il m'est apparu en cours de tournage, et plus encore au montage, que le cinéma d'Eastwood était une forte référence pour ce film finalement très classique dans sa facture. Et le grand cinéaste classique encore en activité, c'est Eastwood." Le scénariste Eric Besnard évoque d'autres modèles : "A l'exemple des personnages incarnés par Lino Ventura, Kraft est un homme ordinaire avec une puissance tranquille, mais rien ne pourra l'arrêter s'il lui arrive quelque chose qui le révolte (...) Pour tracer ce personnage j'avais aussi en tête l'image de Lee Marvin marchant dans son couloir dans Le Point de non retour. Le film n'a rien à voir, mais j'aimais l'idée de cette ligne droite."
S'il prend la forme d'un thriller, le film se réfère à des faits réels, comme le souligne Thomas Vincent : "Les documents rassemblés par Eric Besnard qui a longuement enquêté sur le sujet m'ont surpris par le cynisme généralisé qui est mis en oeuvre. Le film s'ouvre sur une campagne d'essais cliniques en Afrique, inspirée de celle d'un laboratoire américain au Nigéria dont l'affaire est encore en cours de jugement. Quand le personnage de William interprété par Gilles Cohen parle des essais de protocole antisida sur les prostituées au Kenya, c'est aussi une affaire réelle. On fait courir des risques à des gens qui ensuite n'auront même pas les moyens de s'acheter les médicaments dont ils sont les cobayes (...) L'autre aspect intéressant et moins connu évoqué dans le film, c'est la façon dont l'industrie pharmaceutique peut créer des pathologies. Ils sont juge et partie. Tous les ans, on est captif d'un nouveau syndrome. Au travers de campagnes d'informations et de pub, on nous dit "vous avez du cholestérol, vous allez mourir". Alors tout le monde panique et veut être mis sous anti-cholestérol... "
Marie-Josée Croze et Clovis Cornillac avaient déjà eu l'occasion de se croiser sur le plateau de Mensonges et trahisons et plus si affinités..., la comédie de Laurent Tirard qui avait valu à l'acteur un César du Meilleur second rôle en 2005.
Le Nouveau protocole marque les retrouvailles de Thomas Vincent avec Clovis Cornillac, près de dix ans après Karnaval. Premier opus du cinéaste, sorti en 1999, cette chronique sociale âpre sur la tradition du carnaval de Dunkerque avait permis au comédien, alors surtout connu pour son travail sur les planches, d'accéder à la notoriété dans le monde du cinéma. Sa partenaire dans ce film, inconnue à l'époque, a elle aussi fait du chemin depuis : il s'agit de Sylvie Testud.
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